天文二年(1533)あるいは天正三年(1575)創立。
現在は増上寺ぞうじょうじの末寺であるが旧本寺は百万遍知恩寺ひゃくまんべんちおんじである。
開山は順誉了圓和尚じゅんりょうよえんおしょうで、初め高山寺と称した。
が、元和七年(1621)、五世良故和ごせいりょうこ尚の代に後水尾帝ごみずのおていの御宇参内ぎょうさんだいをとげ、
御宸筆ごしんぴつ、額面を下賜せられ寺号を高徳山光善寺に改称したと伝わる。

文化五年(1808)、天保八年(1837)、明治三十六年(1903)と三度の火災に遭い、
伽藍がらんの大半は烏有に帰したが、
現存する仁王門におうもんは宝暦九年(1759)、鐘楼門しょうろうもんは弘化四年(1847)に造立されたものである。

松前家の女性方の菩提寺ぼだいじであり、
準檀林じゅんだんりん、中本寺ちゅうほんじとして蝦夷地の浄土宗に於いて中核的な役割を担った。