天文二年（1533）或天正三年（1575）创立。现在是增上寺的分寺，但旧本寺是百遍知恩寺。
开山是顺誉了圆和尚，最初被称为高山寺。元和七年（1621），至五世良故时代，得以参拜後水尾帝，并得到御赐墨宝及牌匾，寺号改名为高德山光善寺。

文化五年（1808），天保八年（1837），明治三十六年（1903）遭遇了三次火灾，伽蓝的大部分都化为乌有，现存的仁王门是宝历九年（1759），钟楼门是弘化四年（1847）建造的。
是松前家的女性们的菩提寺，作为准檀林、中本寺在虾夷地的净土宗中担负着核心的作用。